近親交配（インブリーディング）とは、血縁関係の近い個体同士（親子、兄弟姉妹など）を交配させることで、遺伝的多様性が低下し、遺伝性疾患のリスクが高まる繁殖方法です。
近親交配は遺伝的に似た個体同士を掛け合わせるため、劣性遺伝子がホモ接合（両親から同じ遺伝子を受け継ぐ）になりやすく、遺伝性疾患が発現するリスクが大幅に高まります。免疫力の低下、繁殖能力の低下、子猫の生存率の低下なども報告されています。
優良ブリーダーは、血統書を使って少なくとも3〜5代前までの祖先を確認し、近親交配係数（COI）を計算して遺伝的多様性を維持しています。一般的に、COIが5%以下に保つことが推奨されています。
一部のブリーダーは「ラインブリーディング」（やや遠い血縁の個体を計画的に交配する手法）を行い、品種の特徴を固定化しています。ただし、これも過度に行えば近親交配と同じリスクが生じるため、遺伝子検査による管理が不可欠です。
猫をブリーダーから迎える際は、親猫の血統書を確認し、近親交配の度合いが高くないかをチェックすることが重要です。優良ブリーダーは質問に対してオープンに回答してくれます。
COI（近親交配係数）5%以下：健全な繁殖の目安
アウトクロス：血縁のない個体同士の交配で遺伝的多様性を維持
遺伝子検査パネル：PKD、HCM、SMAなどの主要遺伝病をスクリーニング